Sinopsis

12.000 tahun setelah peristiwa di Genesis Aquarion, manusia hidup di bintang Vega di bawah ancaman konstan dari makhluk trans-dimensi yang disebut Abductors. Musuh-musuh ini berasal dari bintang saudara Vega, Altair, dan menyerang Vega untuk mengambil kehidupan manusia. Sebagai langkah penanggulangan, sebuah organisasi yang dikenal sebagai Neo-DEAVA dibentuk untuk melawan Abductors. Mereka mengoperasikan baju mecha canggih yang disebut Aquaria dan dipisahkan secara ketat berdasarkan gender. Anak laki-laki dan perempuan tidak diperbolehkan berhubungan; mereka bahkan dibatasi untuk bertarung di medan perang yang sama. Namun, peristiwa mengambil arah yang mengejutkan ketika sebuah baju mecha Abductor canggih ikut dalam pertempuran. Dua remaja, Mikono dan Amata, terjebak dalam konflik tersebut. Tanpa disadari, Amata melakukan sesuatu yang terlarang ketika dia memanggil Aquaria dan memulai apa yang disebut Persatuan Terlarang antara Aquaria laki-laki dan perempuan. Neo-DEAVA terkejut, dan dampak dari tindakan Amata jauh lebih besar daripada yang dia sadari. Bagaimana dia bisa memanggil Aquaria? Di mana dia belajar untuk membentuk Persatuan Terlarang? Dan mengapa Mikono juga bisa mengoperasikan baju mecha?