Sinopsis

Di masa depan, air telah menutupi sebagian besar Bumi akibat efek pemanasan global. Maia Mizuki, seorang yatim piatu berusia 15 tahun, baru saja lulus dari sekolah menengah dan telah melamar pekerjaan di Ocean Agency, sebuah paramiliter elit yang merupakan bagian dari pemerintahan dunia futuristik. Hanya siswa terbaik, yang paling cerdas, dan yang secara fisik fit yang memenuhi syarat untuk diterima. Maia, protagonis seri ini, ditakdirkan untuk menjadi salah satu dari sedikit orang yang terpilih. Tetapi kehidupan idealnya dengan cepat hancur. Kecewa, Maia secara tak terduga gagal dalam ujian masuknya. Untuk membuat keadaan semakin buruk, ia langsung diusir dari rumahnya, dicopet, dijadikan sandera, lalu ditembak. Ia "diselamatkan" oleh dua wanita (Rena dan Shizuka) yang merupakan bagian dari organisasi bantuan yang tidak lazim bernama Nereids (terinspirasi dari mitologi Yunani Nereids). Tanpa tempat untuk pergi, Maia bergabung dengan Nereids, melakukan pekerjaan dari menangkap penjahat yang dicari hingga mengejar kucing liar, seringkali dengan hasil yang tak terduga. Gloria dan Yu kemudian bergabung dengan Nereids. "Daphne" dalam judul merujuk pada subplot yang dimulai di tengah seri dan pada akhirnya menjadi penting bagi Maia. "Brilliant Blue" merujuk pada kenyataan bahwa ini adalah dunia yang diselimuti air dengan hampir tidak ada daratan. Dunia ini terdiri dari lautan yang luas, beberapa pulau, dan kota terapung.