Sinopsis

Pada tahun 1973, setelah Perang Lunar yang kejam selama enam tahun, spesies alien bermusuhan yang dikenal sebagai BETA—Makhluk dari asal Luar Angkasa yang merupakan Musuh ras manusia—menginvasi Bumi, membunuh miliaran orang dan memusnahkan Eurasia. Meskipun BETA dapat dihancurkan dengan senjata konvensional, kelas laser mereka mampu memusnahkan seluruh armada pesawat, memaksa umat manusia untuk mengembangkan baju tempur raksasa yang disebut Tactical Surface Fighters (TSF) untuk melawan mereka. Ketika BETA mencapai Jepang pada tahun 1998, siswa sekolah militer dan pilot TSF—atau eishi—Yui Takamura diperintahkan untuk mempertahankan garis pertahanan terakhir Kyoto bersama rekan-rekan sekelasnya. Dengan pengorbanan banyak nyawa manusia dan pengorbanan teman-teman Yui, Angkatan Darat Kekaisaran Jepang berhasil mengusir para penyerang, meninggalkan kehancuran di belakangnya. Namun, pertemuan ini meninggalkan Yui bertekad untuk tidak membiarkan sesuatu seperti ini terjadi lagi. Tiga tahun kemudian, sekarang sebagai letnan, Yui bergabung dengan proyek XFJ, program pengembangan TSF Jepang-Amerika yang berbasis di Alaska. Dalam sebuah tim internasional yang terdiri dari pilot uji Jepang-Amerika yang sulit diatur, Yuuya Bridges, dan berbagai eishi dari negara-negara yang kalah dari BETA, tugas Yui adalah membantu mengembangkan TSF Jepang yang baru, Shiranui. Di tengah ketegangan politik yang diwarisi dari Perang Dingin, Muv-Luv Alternative: Total Eclipse mengikuti misi lembut Yui dan perjalanan Yuuya untuk mengatasi iblis masa lalu yang masih menghantuinya.