Sinopsis

Di tahun 2167, gelombang radiasi yang dilepaskan oleh supernova bintang terdekat Hydrus Beta menyebabkan kerusakan kataklis di Bumi, meninggalkan jutaan orang tewas. Sekarang, di tahun 2356. Bersatu untuk membangun kembali Bumi, umat manusia bersiap menghadapi gelombang kehancuran kedua dari supernova. Untuk melindungi planet ini dari bahaya di masa depan, koloni luar angkasa besar yang disebut "Foundations" telah dibangun di seluruh Sistem Tata Surya. Bertindak sebagai pusat pengetahuan dan eksplorasi, di salah satu Foundations—Stellvia—Shima Katase mendaftar untuk menjadi siswa persiapan meskipun bertentangan dengan keinginan ibunya, yang bercita-cita untuk melihat ruang angkasa langsung dengan matanya sendiri. Di Stellvia, Katase berlatih untuk menjadi pilot dan berharap terpilih untuk "Misi Besar" untuk melindungi Bumi dari gelombang kedua. Sementara ia berjuang dengan kelas pilotnya dan kehidupan sosialnya yang penuh gejolak, ia perlahan berkembang menjadi seseorang yang mungkin bisa melindungi umat manusia.