Sinopsis

Digimon Xros Wars: Toki wo Kakeru Shounen Hunter-tachi berlangsung satu tahun setelah kekalahan Bagramon dan kawan-kawan. Sejak saat itu, Taiki Kudou dan Yuu Amano telah membentuk tim basket bersama teman sekelas Yuu, Tagiru Akashi. Suatu hari, Tagiru menemukan area aneh yang disebut DigiQuartz, sebuah alam yang aneh dan tidak stabil yang ada di antara dunia manusia dan dunia digital. Ia kemudian menyadari bahwa anak-anak di seluruh dunia telah memperoleh Xros Loaders serta pasangan Digimon untuk berpartisipasi dalam kompetisi yang disebut 'Perburuan Digimon'. Digimon yang berkeliaran dari dunia digital ke DigiQuartz dapat memanfaatkan emosi negatif yang bocor dari dunia manusia. Ini membuat Digimon semakin kuat namun dengan konsekuensi menjadi sangat ganas. Akibatnya, para Pemburu Digimon harus berusaha menghentikan Digimon ini agar tidak menciptakan kekacauan di dunia manusia. Bergabung dengan Gumdramon yang suka merepotkan, Tagiru bertekad untuk menjadi Pemburu Digimon terhebat, sambil tidak menyadari hubungan Digimon Taiki dan Yuu sebelumnya. Namun, suatu kekuatan jahat mengintai dengan terciptanya DigiQuartz, dan para Pemburu muda akan segera menyadari bahwa Perburuan Digimon adalah jauh lebih dari sekadar permainan sederhana...