Sinopsis

Tetsurou Hoshino adalah seorang anak laki-laki yang bertekad mendapatkan tubuh mekanis abadi untuk membalas dendam terhadap pembunuh ibunya, manusia mesin Count Mecha. Namun, karena biaya yang luar biasa untuk memperoleh apa yang dicari, harapan satu-satunya adalah mencuri tiket untuk Galaxy Express 999, sebuah kereta luar angkasa yang bepergian melintasi galaksi dan pemberhentian akhirnya adalah sebuah planet di mana penggantian logam disediakan secara gratis. Setelah mencuri tiket, Tetsurou dikejar oleh polisi dan akhirnya pingsan di pelukan seorang wanita misterius bernama Maetel, yang sangat mirip dengan ibunya. Setelah bangun, dia memberi tahu anak laki-laki itu bahwa dia akan memberinya akses ke 999 asalkan dia setuju untuk bepergian dengannya. Menerima tawarannya, Tetsurou naik ke jalur kereta kosmik bersama Maetel dan memulai perjalanan melintasi galaksi.