Sinopsis

Meskipun kehancuran dunia rumah mekanisasi Andromeda, kekaisaran mesin masih menyapu galaksi dan Bumi telah menjadi medan perang. Setelah kembali dari perjalanannya di atas kereta Galaxy Express 999, Tetsurou Hoshino bergabung dengan perlawanan dan bertempur bersama orang lain yang masih mempertahankan kemanusiaan mereka. Ketika 999 kembali ke Bumi, Tetsurou menerima pesan rekaman yang membingungkan dari mantan teman perjalanannya Maetel, yang memberitahunya untuk naik kereta sekali lagi. Menghadapi jalan menuju stasiun Megalopolis, ia berhasil naik ke kereta tepat saat kereta berangkat. Kali ini, bagaimanapun, Tetsurou dihadapkan pada beberapa misteri: Maetel tidak terlihat, sebuah "Kereta Hantu" yang mengerikan telah muncul, dan tujuan akhir dari 999 tidak diketahui. Di tengah semua ini, Tetsurou menghadapi kesatria hitam misterius Faust dan segera menemukan rahasia tergelap kekaisaran mesin.