Sinopsis

Tahun 2065, dan planet Bumi jauh dari tempatnya di masa lalu. Makhluk alien mematikan yang dikenal sebagai Phantom telah muncul di seluruh planet, dan kontak yang sekecil apapun dengan entitas ini adalah fatal, baik itu kematian instan atau penurunan yang berkepanjangan. Untuk mencoba menyelamatkan sedikit dari sisa-sisa ras manusia, barier medan energi besar telah dibangun di sekitar kota-kota tertentu untuk mengusir para Phantom. Mencari solusi yang lebih permanen untuk invasi ini adalah ilmuwan Aki Ross dan mentornya, Dr. Sid, yang penyelidikannya telah mengungkap bahwa ada bentuk energi spiritual, energi Gaia yang dapat menghilangkan keberadaan Phantom dari dunia ini. Aki dan Sid tidak sendirian dalam pencarian mereka melalui Final Fantasy: The Spirits Within; dewan manusia dan skuad militer "Deep Eyes" siap untuk membantu. Namun, tidak semua orang yakin dengan rencana ini. Aki, Sid, Grey, dan sekutu mereka harus bersatu melawan kekuatan baik alien maupun manusia jika mereka ingin memiliki kesempatan untuk mengembalikan kedamaian di Bumi. Musuh yang hanya dengan sentuhan saja mematikan, para Phantom tampak menjadi musuh yang lebih berbahaya, tetapi seperti yang akan mereka ketahui, musuh manusia mereka juga tidak bisa dianggap remeh.