Sinopsis

Di bawah naungan kegelapan, seorang samurai bertopeng membunuh lima pria di seluruh metropolis Jepang: tiga di Tokyo, satu di Osaka, dan yang terakhir di Kyoto. Dalam penyelidikan mereka, polisi mengetahui bahwa setiap pria adalah anggota Genjibotaru—sebuah geng pencuri yang berfokus pada pencurian patung dan artefak Buddha dan yang menyebut diri mereka sebagai pelayan Minomoto no Yoshitune. Tanpa motif yang jelas atau petunjuk identitas anggota lainnya, kasus ini mandek sampai sebuah kuil di Kyoto meminta bantuan Kogorou Mouri yang terkenal. Setelah menerima surat anonim yang berisi teka-teki aneh, para biksu kuil meminta bantuannya untuk menyelesaikannya guna memulihkan patung mereka yang hilang lama. Sementara itu, Conan Edogawa dan detektif sekolah menengah Heiji Hattori bekerja sama untuk memecahkan teka-teki misterius dan menemukan pembunuhnya, saat Hattori mencari cinta masa kecilnya. Dengan pengetahuan Hattori tentang Kyoto, keduanya menjelajahi jalanan dan secara bertahap menemukan kebenaran, tetapi tidak sebelum pembunuh itu menyerang lagi—membunuh anggota Genjibotaru lainnya dan, setelah beberapa kali mencoba membunuh Hattori, akhirnya menculik kekasih masa kecil Hattori. Hanya dengan bekerja sama untuk mengungkap petunjuk yang terpendam, Conan dan Hattori berharap dapat mengakhiri pembunuhan berdarah dari samurai liar dan menyelamatkan cinta Hattori.