Sinopsis

Pada jam dua belas malam, Jam Kegelapan muncul—sebuah jam rahasia yang tidak disadari oleh kebanyakan orang. Mereka yang tidak terjebak dalam peti mati selama waktu ini, yang malang cukup untuk sadar, akan dihadapi oleh makhluk berbahaya yang dikenal sebagai Bayangan. Namun, hanya segelintir orang yang memiliki potensi untuk mengendalikan Persona: sebuah kekuatan khusus yang digunakan untuk mengalahkan makhluk-makhluk ini. Kelompok rahasia ini disebut SEES (Specialized Extracurricular Execution Squad), dan misi mereka adalah untuk mengungkap alasan munculnya Jam Kegelapan. Hanya sedikit waktu setelah siswa transfer Makoto Yuuki mulai tinggal di Asrama Iwatodai, Personanya terbangun setelah serangan oleh Bayangan yang kuat. Kini direkrut ke dalam jajaran SEES, dia mulai bertarung bersama rekan-rekannya, karena hanya mereka yang dapat melindungi umat manusia dari Bayangan dan mencegah anomali yang dikenal sebagai Jam Kegelapan.