Sinopsis

Pada tahun 2059, lima dekade setelah konflik Perang Angkasa I yang terlihat dalam kisah Macross pertama. Macross Frontier, armada kolonisasi super-jarak jauh Kelas New Macross ke-25, sedang dalam perjalanan melalui galaksi menuju surga baru untuk disebut rumah. Namun, armada ini terjebak dalam keadaan perang dengan musuh aneh yang disebut Vajra.