Sinopsis

Tahun 1999. Amamori Hajime adalah seorang siswa sekolah dasar yang normal, mencoba belajar dan menghabiskan waktu dengan teman-teman gila-nya. Namun suatu hari, saat ayahnya sedang menguji sebuah alat yang telah dikerjakannya, sesuatu menyebabkan alat itu meledak, membawa rumah bersamanya! Sekarang menjadi yatim piatu, Hajime diambil oleh pamannya, yang adalah seorang astronom. Di observatorium pamannya, ia bertemu dengan seorang gadis yang pernah ia lihat sebelumnya dan mengembangkan sedikit perasaan suka padanya. Ia mengetahui bahwa namanya adalah Yukino Yayoi, dan orang tuanya memiliki toko ramen di kota. Tapi yang lebih baik lagi, dia adalah asisten pamannya! Betapa beruntungnya! Namun, Yayoi tidak persis seperti yang dia tampakkan. Ada alasan dia membantu Amamori-san di observatorium. Dia adalah Ratu Milenium (Sen-Nen Joou), yang khusus dipilih oleh planet asalnya, LaMetal, untuk pergi ke Bumi dan membantu mempersiapkan kemungkinan penghancuran planet ini. Apa yang akan menyebabkan bencana ini? LaMetal memiliki orbit yang sangat elips, yang membuatnya sangat, sangat dekat dengan Bumi setiap 1000 tahun. Ketika mendekat, bumi bereaksi, menyebabkan berbagai bencana alam. Meskipun dia dipilih dengan gagasan melindungi LaMetal, rencana pribadinya adalah mengevakuasi sebanyak mungkin manusia ke LaMetal, jadi jika planet mereka dihancurkan, mereka akan selamat. Namun, ada satu orang yang berusaha menghentikan rencananya, kepala Pencuri Milenium. Mengapa dia ingin menghentikan Yayoi? Dan bagaimana dia tahu tentang Ratu Milenium, sebenarnya?