Sinopsis

My-Otome Zwei berlangsung satu tahun setelah peristiwa My-Otome. Arika sekarang adalah Otome yang sepenuhnya terlatih (meskipun masih di bawah bimbingan Nona Maria) dan Nagi dipenjara di suatu tempat di Aries. Berbagai negara sedang damai satu sama lain dan merencanakan untuk mengadakan S.O.L.T. (Pembicaraan Pembatasan Otome Strategis) untuk membahas pembatasan jumlah Otome. Sebuah misi untuk menghancurkan meteor yang mengancam akan bertabrakan dengan Earl memicu serangkaian peristiwa yang mengakibatkan sosok bayangan misterius menyerang Garderobe dan beberapa Otome serta versi Slave yang lebih kuat muncul di seluruh planet. Untuk memperburuk keadaan, Ratu Mashiro menghilang setelah berdebat dengan Arika. Serial ini mengikuti pencarian Arika untuk Mashiro serta usaha Garderobe untuk mengungkap kebenaran di balik sosok bayangan tersebut.