Sinopsis

Berlatar satu tahun sebelum Zentraedi tiba di Bumi, Macross Zero menceritakan hari-hari terakhir perang antara U.N. Spacy dan faksi anti-U.N. Setelah ditembak jatuh oleh pesawat tempur terbaru dari anti-U.N., pilot ace Shin Kudo mendapati dirinya di pulau terpencil Mayan, di mana teknologi hampir tidak ada. Sementara Shin tinggal di pulau untuk menyembuhkan lukanya, ketenangan pulau tersebut terganggu oleh pertempuran yang melibatkan pesawat tempur terbaru UN - VF-0.