Sinopsis

Setelah menghancurkan Bumi bertahun-tahun yang lalu, ras alien Gauna telah mengejar sisa-sisa umat manusia—yang, setelah nyaris selamat, melarikan diri melintasi galaksi dengan sejumlah kapal benih raksasa. Di tahun 3394, Nagate Tanikaze muncul dari pengasingan sepanjang hidupnya yang dalam di bawah kapal benih Sidonia untuk mencari makanan di tingkat atas, hanya untuk mendapati dirinya terlibat dalam peristiwa yang berlangsung tanpa sepengetahuannya. Ketika Gauna mulai menyerang Sidonia, semua tergantung pada Tanikaze—dengan bantuan teman-teman dan rekan-rekannya Shizuka Hoshijiro, Izana Shinatose, dan Yuhata Midorikawa—untuk mempertahankan harapan terakhir umat manusia untuk bertahan hidup, dan mengalahkan musuh alien mereka. Sidonia no Kishi mengikuti Tanikaze saat ia menemukan dunia yang telah ada di atasnya sepanjang hidupnya, dan menjadi pahlawan yang dibutuhkan Sidonia.