Sinopsis

Rail Wars! terjadi di alam semesta alternatif di mana pemerintah Jepang tetap mengendalikan sistem perkeretaapian negara. Karena stabilitas yang diberikan oleh kepemimpinan pemerintah, sistem perkeretaapian diizinkan untuk berkembang. Naoto Takayama bercita-cita untuk menjadi karyawan Jepang National Railways karena kehidupannya yang nyaman yang akan memungkinkannya untuk hidup. Untuk mencapai hal ini, ia memasuki program pelatihan, di mana siswa harus menunjukkan pengetahuan mereka tentang kereta serta kemampuan mereka untuk siap menghadapi tantangan yang mungkin muncul. Selama periode ini, ia akan bertemu siswa lain seperti Aoi Sakura yang berbakat secara atletis, Sho Iwaizumi yang selalu lapar, dan Haruka Komi si ensiklopedia manusia. Bersama-sama mereka akan berusaha untuk bertahan selama masa pelatihan mereka, sambil menghadapi perampok tas, ancaman bom, dan bayangan menyeramkan dari kelompok ekstremis "RJ" yang ingin memprivatisasi sistem perkeretaapian.