Sinopsis

Dua puluh tahun sebelum awal cerita, sebuah asteroid yang menuju Bumi menghancurkan Pluto. Karena kehancuran Pluto, asteroid yang dijuluki Thanatos menjadi sementara terhenti. Kini, untuk menghindari kehancuran Bumi yang akan datang, Badan Pengembangan Sistem Tata Surya Internasional (ISDA) mengerjakan "Proyek D", dan menciptakan "Dragonaut" setelah menemukan telur naga di bawah lautan. Tujuan utama senjata ini adalah untuk menghancurkan asteroid ketika saatnya tiba. Namun, mereka segera menemukan bahwa asteroid bukanlah satu-satunya ancaman, karena makhluk-makhluk seperti naga yang kuat dan berniat menghancurkan muncul di Bumi. Setelah menyaksikan pembunuhan oleh salah satu makhluk tersebut, Jin Kamishina, seorang anak laki-laki yang sepi berusia 18 tahun yang kehilangan keluarganya dalam kecelakaan shuttle dua tahun yang lalu, terlibat dalam misteri naga dan menjadi pilot terpilih dari Dragonaut. Membantunya dalam perjalanannya adalah Toa, seorang gadis misterius yang menyelamatkannya dari jatuh ke kematiannya setelah makhluk itu menyerangnya. Saat mereka semakin dalam ke misteri naga, mereka bertemu teman-teman dan musuh baru, dan juga mulai mengembangkan hubungan yang lebih dekat.