Sinopsis

Tahun adalah 21XX. Reploid sekarang sudah umum, setelah Dr. Cain menemukan kembali laboratorium lama Dr. Light dan mendasarkan beberapa desain pada aslinya, yang disebut "Megaman X." Sementara itu, X telah bergabung dengan Maverick Hunters, dan bekerja dengan pemimpin unit Zero di bawah komando Jenderal Sigma. Tugas mereka adalah untuk mengakhiri reploid nakal, yang telah menjadi ganas.