Sinopsis

Terobsesi dengan balas dendam terhadap Raja Permainan, Seto Kaiba memulai penggalian di Mesir untuk menemukan potongan-potongan Puzzle Milenium, yang pernah menyimpan jiwa "kembaran Yuugi." Namun, seorang pria bertopeng mencuri dua bagian dari Puzzle dan menghilang sebelum dapat direkonstruksi. Sementara itu, kini di tahun terakhir sekolah menengah mereka, Yuugi Mutou dan teman-temannya merencanakan masa depan mereka, tidak menyadari bahaya yang mengintai dekat. Yu☆Gi☆Oh! The Dark Side of Dimensions menceritakan kisah kekuatan yang mendendam yang mendistorsi realitas dengan cara yang mereka inginkan. Apakah Seto dan Yuugi dapat melampaui perbedaan mereka dan menyelamatkan dunia, atau apakah keserakahan Seto sendiri akan mengalahkannya?