Sinopsis

Seekor ikan mas melarikan diri dari rumahnya dan mengapung di atas punggung ubur-ubur. Setelah terjebak dalam botol kaca, dia melayang ke pantai di mana dia dibebaskan oleh Sousuke, seorang anak laki-laki berusia lima tahun yang tinggal bersama ibunya, Lisa, di sebuah rumah di tepi laut sementara ayahnya, Koichi, bekerja di sebuah kapal pesca. Setelah menyembuhkan luka di jari Sousuke dengan menjilatinya, ikan mas tersebut dinamai Ponyo oleh teman barunya. Tanpa sepengetahuan Sousuke, Ponyo sudah memiliki nama dan keluarga. Ayahnya, Fujimoto, seorang penyihir yang meninggalkan kemanusiaannya untuk hidup di bawah laut, mencarinya dengan putus asa. Ketika ditemukan dan ditangkap, Ponyo menolak nama lahirnya dan menyatakan bahwa dia ingin menjadi manusia. Menggunakan kekuatan yang diterima dari darah Sousuke, dia tumbuh memiliki tangan dan kaki dan melarikan diri ke permukaan sekali lagi. Namun, sihir yang dilepaskan ke dalam lautan menyebabkan ketidakseimbangan di alam, membuat Bulan mulai jatuh dari orbit dan gelombang menjadi sangat kuat. Bertemu kembali dengan Ponyo, Sousuke harus melewati ujian kuno untuk mengembalikan keteraturan di dunia dan membiarkan rekannya hidup sebagai manusia.