Sinopsis

Grisaia no Rakuen dimulai tepat di akhir bagian sebelumnya, Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji ditangkap karena dicurigai terorisme. Sebuah video menunjukkan bukti konkret bahwa Yuuji melakukan tindakan tersebut, dan ia ditahan oleh Ichigaya. Ichigaya sangat mengetahui bahwa Yuuji tidak melakukan kejahatan yang dituduhkan kepadanya. Namun, ia gagal untuk membunuh Heath Oslo, yang merupakan pemimpin organisasi teroris dengan senjata yang sangat menghancurkan di tangan mereka. Sebenarnya, Ichigaya memiliki rencana mereka sendiri untuk Yuuji... Namun semuanya mungkin belum hilang untuk Yuuji. Para gadis di Akademi Mihama tidak akan membiarkan Yuuji digunakan untuk keuntungan politik, dan mungkin juga sosok misterius baru yang muncul di depan mereka.