Sinopsis

Di Arkham Asylum, Batman bertarung melawan Gorilla Grodd saat mencoba menghancurkan penemuan terbaru Grodd: Quake Engine. Di tengah kekacauan, mesin itu diaktifkan, dan seluruh rumah sakit jiwa tiba-tiba lenyap begitu saja—Batman bersama dengannya. Setelah debu mereda, Batman mendapati dirinya berdiri di tengah jalan yang tidak dikenal. Dia segera menyadari bahwa dia tidak lagi berada di Gotham City—tetapi malah berada di Jepang Feodal! Kekaguman dengan cepat memudar saat samurai menyerangnya, berusaha mengambil nyawanya. Kemudian, penyelidikan Batman membawanya untuk menemukan bahwa orang yang bertanggung jawab atas perintah pembunuhan tersebut bukan lain adalah musuh bebuyutannya, Joker. Setelah bertemu dengan Catwoman, dia mengetahui bahwa para penjahat dari rumah sakit jiwa itu telah terteleportasi ke sana dua tahun yang lalu—masing-masing memerintah atas sebagian Jepang dengan Joker sebagai panglima perang dominan. Untuk kembali ke rumah, Batman harus mengaktifkan kembali Quake Engine, yang terletak di sisa-sisa rumah sakit jiwa, sekarang dikenal sebagai Arkham Castle. Namun, ada satu masalah: selain sabuk gadgetnya, arsenal yang dulunya ada di ujung jarinya hampir semuanya hilang. Ninja Batman mengikuti Dark Knight saat dia menjelajahi lingkungan baru yang aneh, menghadapi musuh-musuh yang familiar dalam upayanya untuk kembali ke Gotham utuh.