Sinopsis

Setelah pertempuran putus asa dan banyak kerugian, manusia akhirnya membunuh Godzilla—monster yang telah menyebabkan umat manusia melarikan diri dari Bumi 20 ribu tahun yang lalu. Namun, makhluk yang dibunuh oleh pasukan Haruo Sakaki tidak sendirian; masih ada satu Godzilla lagi di Bumi yang belum terkalahkan. Terluka parah dari konflik pertama, Sakaki terbangun di rumah seorang gadis muda yang merupakan anggota suku Houtua. Dengan penampilan yang mengejutkan mirip manusia, Houtua telah beradaptasi untuk bertahan hidup di iklim planet yang telah lama ditinggalkan ini. Dengan sebagian besar sumber daya mereka habis, anggota yang tersisa dari pasukan khusus Sasaki berjuang dengan keputusan untuk meninggalkan misi mereka dan planet rumah mereka atau bertarung dalam pertempuran yang tidak mungkin. Namun, harapan belum sepenuhnya hilang, karena anggota dari ras alien Bilusaludo menemukan sisa-sisa senjata anti-Godzilla mereka, Mechagodzilla. Bahkan dengan senjata kuat ini dalam persenjataan mereka, kemenangan tampaknya mustahil untuk dicapai: Godzilla telah menghabiskan seluruh waktu ini berevolusi dan bersiap untuk mengalahkan siapa pun yang berani menantang superioritasnya.