Sinopsis

Empat belas tahun setelah Third Impact, Bumi menjadi tanah pasca-apokaliptik, peradaban manusia berada dalam puing-puing, dan orang-orang yang dikenal Shinji Ikari hampir tidak dapat dikenali. Terjebak di dalam Evangelion Unit-01, dia diselamatkan dari ruang angkasa oleh Asuka Langley Shikinami dan Mari Illustrious Makinami, hanya untuk mendapati dirinya menjadi tahanan WILLE, sebuah faksi militer yang dipimpin oleh mantan walinya, Misato Katsuragi. Dingin dan pahit, mantan sekutunya memandangnya dengan kecurigaan dan menolak untuk mendukungnya saat dia menghadapi konsekuensi dari tindakannya. Seorang Shinji yang terluka dan bingung diselamatkan dari WILLE oleh Rei Ayanami dan dikembalikan ke markas NERV. Di sana, dia bertemu dan dengan cepat berteman dengan Kaworu Nagisa yang misterius, yang memberinya kehangatan dan wawasan tentang keadaan perang NERV melawan Para Malaikat. Namun, jeda singkat Shinji dan Kaworu terletak di ambang pertempuran baru, di mana Shinji menemukan bahwa musuh-musuhnya bukan lagi Para Malaikat tetapi mantan rekan. Dalam konfrontasi pahit ini untuk menentukan masa depan dunia, Shinji akan belajar secara langsung bahwa masa lalu benar-benar tidak dapat diubah.