Sinopsis

Dengan Mayor Motoko Kusanagi yang hilang, Batou dari Section 9 ditugaskan untuk menyelidiki serangkaian pembunuhan mengerikan—yang tampaknya dilakukan oleh gynoid yang salah fungsi, atau robot seks. Namun ketika seorang gynoid yang cacat meninggalkan pesan samar untuk Batou, dia mulai meragukan penyebab malfungsi mereka. Kecurigaan terhadap pembunuhan bermotif politik dan 'hantu' ilegal dengan cepat mencuat, menarik Batou dan rekannya Togusa ke dalam jaring konspirasi yang berbahaya. Saat penyelidikan mereka berlangsung, batas antara manusia dan mesin terus memudar, dan realitas serta persepsi menjadi tidak dapat dibedakan. Menghadapi musuh yang aneh dan berbahaya, Batou dan Togusa menjelajahi dunia futuristik yang dipenuhi mesin dan boneka hidup tetapi sama sekali tidak memiliki kemanusiaan.