Sinopsis

Yumi Ikoma dan Ryou Masaoka adalah anak-anak yang telah dipilih untuk mengambil bagian dalam misi rahasia, untuk menjadi pilot unit tempur Fafner yang pertama; kesempatan terakhir untuk bertahan hidup bagi umat manusia. Musuh sangat kejam, tanpa rasa penyesalan, dan mampu membaca pikiran manusia. Oleh karena itu, rincian misi ini dirahasiakan bahkan dari personel yang terlibat. Para pilot muda harus menggunakan segala keberanian dan keyakinan mereka untuk bertahan hidup dan menyelesaikan misi mereka, jika tidak, nasib umat manusia akan terancam.