Sinopsis

Saat berkendara dengan Jack Atlas dan Crow Hogan, Naga Stardust Yuusei Fudou ditangkap oleh Paradox, seorang Duelis Turbo misterius dari masa depan, selama Duel Turbo dan diubah menjadi Monster Sin. Dengan bantuan Naga Crimson, Yuusei mengejar Paradox saat ia memasuki slip waktu, berakhir di masa lalu. Selama waktu ini, Paradox melakukan duel melawan Jaden Yuki, yang masih dapat menggunakan kekuatan Yubel dan Raja Tertinggi. Namun, pada saat itu Paradox juga telah menangkap Cyber End Dragon dan Rainbow Dragon dan mengalahkan Jaden. Dia diselamatkan berkat Yuusei dan Naga Crimson. Jaden memberi tahu Yuusei tentang niat sebenarnya Paradox. Dengan mencuri berbagai monster dari seluruh waktu dan mengubahnya menjadi gelap, dia berencana membunuh Maximillion Pegasus, pencipta Duel Monsters, mencegah permainan dari dibuat dan menyebabkan peristiwa dari ketiga serial tidak pernah terjadi.