Sinopsis

Sersan Sousuke Sagara kembali ke SMA Jindai untuk melindungi aset perang yang berharga, Kaname Chidori, dari ancaman apapun. Namun, kurangnya keterampilan sosial dan pengalaman nyata membuatnya terjebak dalam situasi komikal namun berbahaya, yang membahayakan kehidupan sekolah damai yang diidamkan Kaname. Saat Sousuke terus membawa beragam senjata ke sekolah sebagai cara untuk menyelesaikan ancaman—baik yang nyata maupun yang palsu—Kaname berjuang untuk memenuhi tugasnya sebagai wakil presiden osis sambil menjaga Sousuke agar tetap terkendali. Untuk memastikan misi yang sukses, Sousuke terkadang terpaksa menggunakan kostum maskot taman hiburan terkenal bernama Bonta-kun. Dengan keahlian teknisnya, ia akhirnya mengubah seragam ceria tersebut menjadi exoskeleton canggih yang memiliki satu disfungsi: penerjemah suara hanya bisa menghasilkan suara "mofu." Full Metal Panic? Fumoffu menggambarkan petualangan Kaname dan Sousuke saat mereka berusaha menjalani kehidupan sekolah normal mereka meskipun kekacauan yang tidak sengaja mereka sebabkan.