Sinopsis

Di sebuah gurun terpencil di Planet Zi, seorang anak bernama Van menemukan sebuah fasilitas yang ditinggalkan dan hancur. Di dalam, ia menemukan sebuah kokon opak yang pecah dengan sendirinya, dan sebuah robot mirip dinosaurus yang dikenal sebagai "Organoid" muncul dari cangkangnya. Van memberi nama makhluk itu Zeke dan mengklaimnya untuk dirinya sendiri, tetapi sekelompok bandit datang mengejarnya untuk mengambil Organoid tersebut. Para bandit dilengkapi dengan "Zoids," unit mekanik seperti binatang yang digunakan untuk bertarung. Van berhasil mengusir pengejarnya dengan menghidupkan dan bergabung dengan Zoid lama yang disebut "Shield Liger." Van kembali ke fasilitas dengan Zeke dan menemukan sebuah kokon baru. Ia sangat gembira karena mungkin telah mendapatkan Organoid lain, tetapi ketika kokon itu pecah, seorang gadis muncul darinya. Tidak mengetahui asal usulnya, gadis itu hanya ingat namanya adalah Fiona dan bahwa ia harus menemukan sebuah objek yang disebut "Zoid Eve." Bertekad untuk memecahkan misteri di balik keberadaannya, Fiona pergi bersama Van dan Zeke untuk mengungkap apa sebenarnya Zoid Eve. Ketiganya bertemu banyak teman dan musuh dalam petualangan mereka, menghadapi berbagai bahaya dan mengalami momen-momen keceriaan saat mereka berpergian.