Sinopsis

Sebuah ramalan kuno menceritakan tentang hari ketika raksasa es, petir, dan api akan terusik. Ketika ini terjadi, Lugia, penjaga lautan, akan bangkit dan mengembalikan harmoni. Terpesona oleh kata-kata ramalan tersebut, Gelardan, seorang kolektor Pokémon, berangkat dengan kapal udara miliknya dengan rencana mengerikan untuk menangkap Lugia dengan mengejar ketiga raksasa ini. Setelah Gelardan melakukan aksinya, perubahan iklim yang drastis mulai terjadi, saat badai mengerikan mulai muncul di seluruh dunia. Salah satu badai tersebut menyebabkan kapal yang membawa pelatih Pokémon Satoshi, Kasumi, dan Kenji tergeser dan mendarat di Pulau Shamouti. Setibanya di sana, Satoshi diberi tahu tentang ramalan kuno, dan takdirnya sebagai orang terpilih yang akan membantu Lugia mengembalikan keseimbangan di dunia. Dengan nasib dunia di tangannya, Satoshi harus mengumpulkan keberanian untuk menghadapi kekacauan yang mengancam untuk merobek segalanya dan menghentikan Gelardan.