Sinopsis

Saat mereka melanjutkan perjalanan mereka melalui wilayah Johto, Satoshi dan teman-temannya mengunjungi Altomare, sebuah kota pulau yang mengadakan acara balapan tahunan bernama Pokémon Water Race. Sementara Takeshi dan Kasumi bersenang-senang, hal-hal aneh tampaknya terjadi pada Satoshi—ia entah bagaimana kalah dalam balapan air, melihat beberapa wanita menyerang seorang gadis dengan Pokémon mereka, dan meskipun mereka menyelamatkannya, gadis itu kemudian menyangkal pernah melihat Satoshi dan Pikachu sebelumnya! Untungnya bagi Satoshi, kebingungannya teratasi ketika ia mengetahui bahwa gadis yang ia dan Pikachu selamatkan sebelumnya sebenarnya adalah Pokémon bernama Latias, yang suka menyamar sebagai teman manusianya, Kanon. Latias dan Pokémon lainnya, Latios, dikenal sebagai Eon Pokémon, karena mereka menghuni dan menjaga Altomare bersama dengan bola biru mistis yang disebut Soul Dew. Legenda kuno Altomare sangat terkait dengan Eon Pokémon dan Soul Dew, dan dikenal baik di kalangan penduduk setempat—serta di kalangan penyerang terdahulu Latias, saudara pencuri Zanner dan Lyon. Saat para pencuri berusaha menangkap baik Eon Pokémon maupun Soul Dew, Satoshi terpaksa bertindak untuk menghentikan mereka membawa bencana ke Altomare.