Sinopsis

Tiga puluh dua tahun telah berlalu sejak kekalahan awal Invaders. A.E.G.I.S hampir sepenuhnya dibongkar sekarang dan telah menjadi organisasi bawah tanah yang terdiri dari hanya beberapa Gate Keepers yang tersisa untuk menyelamatkan umat manusia. Salah satu anggotanya, Ayane Isuzu, muak dengan masyarakat secara keseluruhan, meskipun dia terus mengalahkan Invaders karena benci pada ayahnya. Tiba-tiba, dia mengetahui kebangkitan Jenderal Mesin (Kikai Shogun) dan Count Iblis (Akuma Hakushaku), tetapi seorang gadis hantu misterius sekarang menemani mereka. Kini, terserah Ayane dan sisa-sisa A.E.G.I.S untuk menghentikan mereka dan menyelamatkan umat manusia sekali lagi.