Inazuma Eleven Go: Chrono Stone diatur setelah turnamen sepak bola Holy Road. Pahlawan saat ini, Tenma Matsukaze, melakukan perjalanan ke seluruh Jepang untuk mengajar sepak bola kepada anak-anak. Ia kembali ke Raimon Junior High School setelah menyelesaikan misinya, tetapi ke terkejutnya, itu tidak lagi Raimon Junior High yang dia ingat. Klub sepak bola tidak ada, dan anggota tim juara di turnamen sepak bola Holy Road tidak ingat berpartisipasi dalam turnamen. Mereka tidak ingat Tenma atau permainan sepak bola yang mereka sukai.
