Sinopsis

Inazuma Eleven Go: Chrono Stone berlatar setelah Turnamen Sepak Bola Jalan Suci. Pahlawan saat ini, Tenma Matsukaze, melakukan perjalanan ke seluruh Jepang untuk mengajarkan sepak bola kepada anak-anak. Ia kembali ke Sekolah Menengah Raimon setelah menyelesaikan misinya, tetapi yang mengejutkan, itu bukan lagi Sekolah Menengah Raimon yang diingatnya. Klub sepak bola tidak ada, dan anggota tim juara di Turnamen Sepak Bola Jalan Suci tidak memiliki ingatan tentang ikut serta dalam turnamen tersebut. Mereka tidak ingat Tenma maupun permainan sepak bola yang mereka cintai. Saat Tenma bingung dengan perkembangan ini, Alpha, pemimpin Route Agents dan kapten tim Protocol Omega, tiba-tiba muncul dihadapannya. Alpha menyatakan bahwa dia dan timnya bertanggung jawab atas menghilangkan semua gairah terhadap sepak bola di Raimon beserta ingatan anggota klub sepak bola: dan Tenma juga akan menjadi target berikutnya. Saat itulah seorang anak aneh bernama Fei Rune muncul tepat waktu untuk menyelamatkannya. Siapa sebenarnya Fei, dan mengapa Alpha ingin menghilangkan sepak bola selamanya? Tenma tahu bahwa ia harus melakukan segala yang mungkin untuk meraih kemenangan. Ini adalah pertarungan yang bisa menentukan nasib sepak bola selamanya.