Tahun ini adalah 2065, dan planet Bumi jauh dari tempat yang pernah ada di masa lalu. makhluk asing yang mematikan yang dikenal sebagai Phantoms telah muncul di seluruh planet, dan kontak dengan entitas ini mematikan, apakah itu kematian instan atau penurunan yang berkepanjangan. Untuk mencoba menyelamatkan apa yang sedikit dari umat manusia yang tersisa, barrier medan kekuatan besar telah dibangun di sekitar kota-kota tertentu untuk menolak Phantoms. Mencari solusi yang lebih permanen untuk invasi ini adalah ilmuwan Aki Ross dan mentornya, Dr. Sid Ross, yang penyelidikan telah mengungkapkan bahwa ada bentuk spiritual, Gaia energi yang dapat memberantaskan kehadiran Phantoms dari dunia ini. dan Sidoms tidak sendirian dalam pencarian mereka melalui Final Fantasy: The Spirits; dewan dan skuad militer "Deep Eyes" siap untuk mengembalikan musuh ini. Tidak semua orang yakin, meskipun mereka memiliki kesempatan untuk menemukan kembali kekuatan manusia yang lebih berbahaya, tetapi jika mereka berdua tidak memiliki kekuatan manusia, mereka akan menemukan kedamaian bersama-sama, tetapi jika mereka tidak memiliki kesempatan untuk menemukan kekuatan manusia, mereka akan menemukan kedamaian, baik mereka, dan semua pasukan asing, tetapi mereka tidak memiliki kesempatan untuk menemukan kedamaian, jika mereka berdua tidak memiliki rencana untuk menjangkau musuh, tetapi mereka berdua akan menemukan ked