Sinopsis

Setelah kekalahan Myouri Unzen di tangan Medaka Kurokami dan Badan Eksekutif Siswa, kedamaian telah kembali ke Akademi Hakoniwa—setidaknya, untuk sementara waktu. Segera, Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune, dan Mogana Kikaijima mendapati diri mereka terlibat dalam skema jahat lainnya, yang dikenal sebagai "Rencana Flask," yang dipimpin oleh kepala sekolah sendiri. Namun, masalah pertama dewan adalah menghadapi sekelompok siswa superhuman baru yang menyebut diri mereka "Partai Tiga Belas," yang dipimpin oleh Oudo Miyakonojou yang egois tetapi kuat. Dengan Rencana Flask yang misterius, tirani Oudo, dan kemunculan kembali musuh lama, keadaan Akademi Hakoniwa jauh dari damai, dan Medaka serta rekan-rekannya memiliki banyak pekerjaan saat segalanya semakin abnormal.