Sinopsis

Setelah mengalahkan musuh misterius, Yuuma Tsukumo, dibantu oleh Kaito Tenjou dan Ryouga "Shark" Kamishiro, telah menggagalkan rencana Barians. Namun, Yuuma masih dalam pencarian untuk mengambil Kartu Nomor untuk memulihkan ingatan Astral. Tujuh Kaisar Barian mendengar tentang usaha Yuuma dan Astral dan mulai mengumpulkan kartu itu sendiri untuk mencapai tujuan akhir mereka: menghancurkan dunia Astral sebagai imbalan untuk menyelamatkan dunia mereka sendiri. Meskipun hanya lima kaisar yang hadir, mereka dengan suara bulat memutuskan untuk memusnahkan Astral dan Yuuma sekali dan untuk selamanya. Di tempat lain, dengan kekuatan baru mereka dari ZEXAL, Astral dan Yuuma bekerja untuk menghilangkan angkatan musuh yang mengancam Bumi dan sisa alam semesta. Yu☆Gi☆Oh! Zexal Second mengungkapkan misteri dan kejutan tidak menyenangkan yang ada di balik kesengsaraan Yuuma. Saat Astral berjuang untuk menerima masa lalu dan konsekuensi yang mungkin ditimbulkannya, akankah para dewa terus melimpahkan keberuntungan mereka kepada Yuuma dalam petualangan berbahaya lainnya?