Sinopsis

Mikoto Misaka dan teman-temannya kembali, menyelidiki rumor di seluruh Kota Akademi. Segera, Mikoto menemukan sesuatu yang mengerikan: eksperimen mengerikan sedang berlangsung di seluruh kota, yang melibatkan pembunuhan ribuan esper. Selain itu, para esper ini jauh dari sekadar orang biasa: mereka adalah klon Mikoto sendiri. Merasa bertanggung jawab atas perlakuan mereka, dia bertekad untuk mengakhiri eksperimen tersebut; namun, kekuatan yang menentangnya jauh lebih berbahaya daripada yang dia duga, dan Mikoto mendapati dirinya menghadapi beberapa esper terkuat yang bisa dibayangkan. Toaru Kagaku no Railgun S melanjutkan cerita Railgun saat dia berjuang mati-matian untuk mengakhiri eksperimen tidak manusiawi yang dia yakini telah dia bantu sebabkan, hidupnya terseret dalam keputusasaan dalam prosesnya. Tidak ada momen membosankan di Kota Akademi, tetapi tidak ada yang pernah mengatakan bahwa semua itu akan menyenangkan.