Sinopsis

Pemimpin Team Rocket, Giovanni, telah menemukan Mewtwo di daerah terpencil di wilayah Johto. Saat Giovanni mencoba menangkap kembali Mewtwo, Ash dan teman-temannya diculik oleh Domino, anggota baru Team Rocket, saat berusaha menyelamatkan Pikachu dari Jessie dan James. Pokemon Kloning juga ditangkap dan kemudian digunakan sebagai umpan untuk Mewtwo. Situasi kemudian menjadi pertarungan antara kehendak Mewtwo dan Giovanni; dan Mewtwo juga mencoba menemukan apakah ia dan kloning memiliki tujuan dalam hidup, meskipun mereka adalah produk sains.