Koukaku Kidoutai Arise: Ghost in the Shell - Border:1 Ghost Pain

Film ini bercerita tentang tahun 2027, satu tahun setelah berakhirnya perang non-nuklir keempat. Kota Pelabuhan Baru masih terbebani akibat akibat perang setelahnya ketika mengalami ledakan yang disebabkan oleh ranjau yang bergerak sendiri. Kemudian, seorang anggota militer yang terlibat dalam perdagangan senjata dimatikan. Selama penyelidikan, Daisuke Aramaki dari Bagian Keamanan Publik bertemu Motoko Kusanagi, seorang hacker tingkat penyihir siborg yang ditugaskan ke Unit Rahasia 501 militer. Batou, seorang pria dengan "mata yang tidak tidur", menduga bahwa Kusanagi adalah salah satu di balik ledakan. Detektif Polisi Prefektur Niihama Togihusa sedang mengejar kasus kematian dan pembunuhan pelacurnya. Motoko sendiri sedang ditelusuri oleh kepala Unit Rahasia 501 dan agen Kurutsu (Nihatsu).