Sinopsis

Cerita anime ini berlatar pada tahun 2027, satu tahun setelah akhir perang non-nuklir keempat. Kota New Port masih terombang-ambing akibat dampak perang ketika mengalami pemboman yang disebabkan oleh ranjau berpindah. Kemudian, seorang anggota militer yang terlibat dalam suap perdagangan senjata ditembak mati. Selama penyelidikan, Daisuke Aramaki dari Seksi Keamanan Publik bertemu dengan Motoko Kusanagi, peretas tingkat penyihir cyborg yang ditugaskan ke Unit Rahasia 501 militer. Batou, seorang pria dengan "mata yang tidak tidur," mencurigai bahwa Kusanagi adalah orang di balik pemboman tersebut. Detektif Togusa dari Polisi Prefektur Niihama mengejar kasus ganda dari kematian akibat tembakan dan pembunuhan seorang pelacur. Motoko sendiri sedang diawasi oleh kepala Unit Rahasia 501, Kurutsu, dan agen-agen cyborg.