Sinopsis

Saat musim berganti dari musim semi ke musim panas, Makoto Yuuki tetap bersama Tim Eksekusi Extrakurikuler Khusus (SEES). Tim terus mengalahkan Bayangan besar dan kecil, tetapi sekarang mereka berhadapan dengan musuh baru: Strega, sekelompok pengguna Persona yang memberontak dan ingin memanfaatkan Jam Gelap untuk keuntungan mereka—tampaknya Strega mungkin menyimpan petunjuk mengenai sifat sebenarnya dari Jam Gelap. Ketika SEES menikmati liburan musim panas di Yakushima, mereka bergabung dengan Aegis, android amnesik yang dirancang untuk menghancurkan Bayangan. Meskipun dia membuktikan diri sebagai sekutu yang kuat, dia tanpa penjelasan tertarik pada Makoto dan selalu berada di sisinya. Saat mereka menyelidiki lebih dalam ke dalam misteri Jam Gelap, sifat dari hubungan misterius yang mengikat keduanya bersama-sama perlahan mulai terungkap.