Sinopsis

Berlatar belakang serangkaian peristiwa yang berbeda, cerita ini tidak mengikuti kanon film Appleseed sebelumnya (meskipun disutradarai oleh sutradara yang sama dari film sebelumnya); ini adalah cerita alternatif mengenai awal mereka. Briareos sudah menjadi cyborg dan tidak terpisah dari Deunan untuk kemudian bersatu kembali di Olympus dan bergabung dengan ESWAT. Appleseed Alpha menggambarkan hari-hari awal Deunan Knute dan Briareos di abad ke-22, saat mereka memulai perjalanan melintasi puing-puing distopia New York dalam pencarian kota Olympus. Mereka disewa oleh Two Horns, penguasa kota yang hancur, untuk mengeliminasi mesin tempur bipedal. Selama pertarungan, mereka menemui Iris dan Olson, keduanya sedang dalam misi. Deunan dan Briareos berteman dengan mereka dan memutuskan untuk bergabung dengan misi mereka. Iris ditugaskan untuk mencegah cyborg jahat Talos menangkap senjata rahasia yang dibangun oleh manusia. Talos menggunakan Iris untuk mengaktifkan mesin perang raksasa.