Sinopsis

Setelah peristiwa 02, segalanya akhirnya kembali normal. Namun, sampai ikon yang aneh dan familiar mulai muncul di sistem komputer di seluruh Jepang. Dan bukan hanya sistem komputer... TV, ponsel, video game; apa pun dengan layar yang memiliki kemampuan online. Dan ikon ini sepertinya sedang mencari seseorang... Yagami Taichi, dan Ishida Yamato, yang mengalahkannya beberapa tahun yang lalu. Ya, ternyata digimon ubur-ubur ini adalah Diablomon, Digimon tipe Virus yang dikalahkan di film kedua. Tapi kali ini, dia telah belajar untuk membuat dirinya fisik, dan mengirim ribuan salinan dirinya ke dunia nyata. Koushiro dan Ken merancang rencana untuk menghilangkan virus ini sekali dan untuk selamanya, tetapi mereka memerlukan bantuan semua yang ditakdirkan, baik yang lalu maupun yang sekarang. Sekali lagi, ini adalah perlombaan melawan waktu untuk menghentikan rencana Diablomon... tetapi bahkan itu diselimuti bayangan. Akankah kebangkitan Omegamon cukup untuk menghentikan Diablomon untuk kedua kalinya, atau akankah jutaan salinannya terbukti cukup untuk mengesampingkan "Juara Digimon Keadilan"? Tentu saja, dia belum melihat jenis Chosen yang baru, maupun teknik baru. Ini adalah pertarungan hingga akhir, dengan penghancuran Tokyo berada di ambang.