Sinopsis

Setelah nyaris terhindar dari tabrakan dengan Gauna raksasa yang mengorbankan banyak nyawa manusia, Kobayashi—kapten pesawat luar angkasa Sidonia—dipaksa untuk mengubah paradigma politiknya. Setelah mengambil alih kekuasaan penuh, Kobayashi berambisi untuk memberantas Gauna dari sistem Lem di mana mantan Sidonian baru-baru ini mendirikan koloni. Ambisinya dibenarkan oleh dua terobosan: pengembangan senjata anti-Gauna jangka jauh yang sangat efektif, dan penciptaan Tsumugi Shiraui—chimera manusia-Gauna pertama yang memiliki kekuatan destruktif besar. Menghadapi permusuhan terhadap chimera dan ekspedisi militer skala besar yang tidak pasti, Kobayashi mengajak pilot elit baru Nagate Tanikaze untuk membantu. Karena pengalaman pribadinya dengan Shizuka Hoshijiro dan plasenta Benisuzume, Tanikaze segera mengembangkan ikatan dekat dengan Tsumugi. Saat pertempuran terakhir melawan musuh paling tangguh umat manusia semakin mendekat, Tanikaze berusaha menikmati hari-hari terakhir kedamaian bersama temannya Izana Shinatose—sementara Kobayashi diam-diam mengejar pengembangan senjata eksperimental yang bisa mengarah pada penghancuran total Sidonia.