Sinopsis

Shinji Ikari terjebak dalam keadaan koma emosional setelah kematian seorang teman dekat. Dengan putranya yang secara mental tidak mampu mengendalikan robot humanoid Evangelion Unit-01, Gendou Ikari dari NERV berlomba melawan organisasi bayangan SEELE untuk melihat siapa yang dapat melaksanakan rencana akhir mereka terlebih dahulu. SEELE ingin menciptakan makhluk seperti dewa dengan menggabungkan jiwa mereka ke dalam unit Evangelion, sementara Gendou ingin mengembalikan seluruh umat manusia menjadi satu makhluk primordal agar dia dapat bersatu kembali dengan Yui, istri yang telah meninggal.