Sinopsis

Seratus tahun telah berlalu sejak akhir Harukanaru Toki no Naka de 2 (200 tahun setelah anime asli). Di masa lalu, sangat sedikit waktu yang berlalu di masa depan. Suatu hari, Kasuga Nozomi bertemu dengan seorang bocah aneh di sekolah menengahnya, yang membawanya melintasi waktu dan ruang ke Kyou, sebuah tempat di dunia lain yang sangat mirip dengan Kyoto menjelang akhir periode Heian. Di sana, klan Minamoto ("Genji"), yang dipimpin oleh Minamoto no Yoritomo, sedang berperang dengan klan Taira ("Heike"), yang dipimpin oleh Taira no Kiyomori. Heike berharap dapat mengalahkan Genji dengan membebaskan roh-roh pendendam untuk mengganggu aliran energi alami bumi dan meneror tanah. Bocah itu diungkapkan sebagai bentuk manusia dari Hakuryuu, Dewa Naga Putih yang melindungi Kyou, yang dilemahkan oleh keberadaan roh-roh pendendam tersebut. Sebagai Hakuryuu no Miko (Pendeta Dewa Naga Putih), Nozomi menjalin aliansi dengan Genji karena Hakuryuu tidak dapat mengirimnya pulang sampai kekuatannya dipulihkan...