Sinopsis

Perang Cawan Suci yang Kelima berlanjut, dan kekacauan yang menyertainya menghasilkan taruhan yang lebih tinggi bagi semua peserta. Shirou Emiya terus berpartisipasi dalam perang, bercita-cita untuk menjadi pahlawan keadilan yang menyelamatkan semua orang. Ia memulai pencarian untuk mengungkap kebenaran di balik bayangan gelap yang misterius dan spree pembunuhannya, bertekad untuk mengalahkannya. Sementara itu, Shinji Matou menjalankan rencananya sendiri, mengancam Shirou melalui saudarinya, Sakura Matou. Shirou dan Rin Toosaka melawan Shinji, berharap dapat membebaskan Sakura dari penyiksaan saudara lelakinya. Namun, kebenaran yang tidak menyenangkan tentang saudara Matou mulai terungkap, dan banyak rahasia gelap terungkap. Fate/stay night Movie: Heaven's Feel - II. Lost Butterfly terus fokus pada Masters dan Servants yang tersisa saat mereka saling bertarung dengan harapan mendapatkan Cawan Suci. Namun, saat kegelapan muncul di dalam Kota Fuyuki, bahkan keadaan perang suci mereka bisa berada dalam bahaya.