Sinopsis

Pada tahun 2015, Organisasi Keamanan Chaldea memanfaatkan para ahli dari bidang sihir dan dunia biasa untuk mengamati masa depan umat manusia untuk kemungkinan peristiwa kepunahan. Keterselamatan umat manusia tampaknya terjamin untuk abad berikutnya—hingga putusan tiba-tiba berubah, dan kini pemusnahan spesies menunggu di akhir 2016. Penyebabnya tidak diketahui, tetapi tampaknya terkait dengan kota Jepang Fuyuki dan peristiwa tahun 2004 selama Perang Cawan Suci Kelima. Sebagai respon, Chaldea memanfaatkan cara eksperimental perjalanan waktu, teknologi Rayshift. Dengan itu, Ritsuka Fujimaru, seorang pria muda yang baru direkrut ke dalam organisasi, dan gadis misterius Mash Kyrielight, bisa melakukan perjalanan kembali ke tahun 2004 dan menemukan cara untuk menyelamatkan umat manusia. Sebuah perintah besar untuk melawan takdir telah diumumkan—sebuah perintah untuk mengubah masa lalu dan memulihkan masa depan.