Sinopsis

Di masa depan yang misterius, organisme kristalin yang disebut Gems menghuni dunia yang telah dihancurkan oleh enam meteor. Setiap Gem diberikan peran untuk melawan Lunarians, sebuah spesies yang menyerang mereka untuk menghancurkan tubuh mereka dan menggunakannya sebagai dekorasi. Phosphophyllite, yang juga dikenal sebagai Phos, adalah Gem muda dan rapuh yang bermimpi untuk membantu teman-teman mereka dalam upaya perang. Namun, mereka malah disuruh membuat ensiklopedia karena kondisi mereka yang lembut. Setelah dengan berat hati memulai tugas ini, Phos bertemu dengan Cinnabar, sebuah gem cerdas yang telah dijadikan penjaga pulau terpencil di malam hari karena racun korosif yang dihasilkan oleh tubuhnya. Setelah melihat betapa tidak bahagianya Cinnabar, Phos memutuskan untuk mencari peran yang bisa dinikmati oleh kedua Gem yang ditolak tersebut. Houseki no Kuni mengikuti usaha Phos untuk menjadi berguna dan melindungi sesama Gems mereka.