Sinopsis

Setelah Bumi dihancurkan oleh makhluk asing misterius yang dikenal sebagai Gauna, sisa-sisa umat manusia yang selamat melarikan diri ke ruang angkasa dalam kapal generasi besar Sidonia. Setelah melayang melalui ruang angkasa selama ribuan tahun, Sidonia kembali diserang oleh Gauna untuk pertama kalinya dalam satu abad. Sekali lagi menghadapi ancaman kepunahan, kemenangan sementara melawan Gauna berhasil diraih berkat hibrida manusia-Gauna Tsumugi Shiraui dan pilot mecha Guardian ulung Nagate Tanikaze. 10 tahun kemudian... Penduduk Sidonia menikmati jeda singkat. Hari-hari damai berlalu, di mana Tsumugi mulai menyadari perasaannya terhadap Nagate, yang kini dirayakan sebagai pahlawan Sidonia. Namun, seperti yang selalu diketahui Kapten Kobayashi, selama Gauna masih ada, perdamaian tidak dapat bertahan. Keputusan diambil: sebuah pertempuran terakhir, yang menentukan nasib para penyintas terakhir umat manusia. Saat akhir mendekat, akankah kru dapat melindungi orang yang mereka cintai?