Sinopsis

Berlatar belakang setelah peristiwa film keempat, serial ini berpusat pada Keisuke Amano yang berusia 11 tahun, adik Natsume (keduanya adalah anak dari Keita Amano dan Fumika Kodama dari anime Youkai Watch asli) yang tidak mempercayai fenomena supernatural di sekitarnya. Namun, saat dia menyadari saudarinya sering pulang larut malam, dia memutuskan untuk mengikutinya, hanya untuk menemukan bahwa dia menjalankan tugasnya mengusir Youkai jahat bersama teman-temannya, Touma dan Akinori, serta mengelola agen detektif Yo-Kai. Dengan rahasia mereka terungkap kepadanya, Natsume memutuskan untuk membiarkannya ikut serta dalam aktivitas mereka saat menyelidiki kejahatan Youkai dan melawan Youkai jahat untuk menjaga perdamaian di seluruh kota.